Se habla de filosofía de una protectora cuando nos referimos a la manera de pensar en cuanto al trato de los animales en su refugio se refiere. No todas las protectoras tienen la misma filosofía. APAN tiene las ideas muy claras y jamás seríamos capaces de sacrificar a un animal por falta de espacio, porque sean difíciles de adoptar, porque sean viejos, o por cualquier otro motivo exceptuando que el animal estuviese sufriendo. 
La Asociación está en contra de la tenencia de animales domésticos y de compañía por parte de aquellas personas que no tienen el tiempo, la motivación, el espacio, la economía o la responsabilidad suficiente para mantener y amar al animal durante un periodo de tiempo muy largo, evidentemente tanto como dure su vida.
La Asociación se opone a cualquier grado de confinamiento que pueda causar angustia o padecimiento. El propietario debe tener el seguro, la identificación del animal (chip) y un programa adecuado de vacunación.
La Asociación opta por adquirir el animal de compañía en un refugio, asociación protectora o directamente del lugar de nacimiento. También insiste en que jamás deben adquirirse animales exóticos como animales de compañía, y que ante la gran cantidad de perros y gatos abandonados no deberían comprarse animales en tiendas, supermercados de animales o mercados y tiendas itinerantes. 
La Asociación propone la esterilización de animales domésticos, como parte de responsabilidad del propietario.
La Asociación se opone a la crianza de animales con objetivo de producir cambios en sus funciones que, evidentemente, deterioran la salud del animal y su calidad de vida. De la misma forma, se opone también a la crianza de animales con fines comerciales.
La Asociación está convencida que la responsabilidad moral y financiera, no únicamente sanitaria, de los animales abandonados, es parte de la responsabilidad gubernamental y deberían de ser incluidas partidas presupuestarias para la identificación y esterilización de los animales. Asimismo deberían colaborar económicamente con los refugios que así lo requieran, no sólo pensando en la parte sanitaria, sino en cuestión de consciencia social.

La Asociación se opone a la mutilación con finalidades estéticas:
- Cortarles la cola.
- Evitar que los perros ladren.
- Cortarles las orejas.
- Amputarles las uñas a los gatos.

La Asociación es contraria a la eutanasia por principios.  Pese a todo, se aceptan los siguientes casos:
- Animales gravemente enfermos, terminales.
- Animales con un comportamiento demasiado agresivo contra las personas u otros animales.

La Asociación es contraria a laboratorios que utilicen animales para sus experimentos.

La Asociación también es contraria a la lucha y carreras de perros y a aquellos espectáculos festivos de los diferentes pueblos y ciudades de nuestra tierra que impliquen sufrimiento, humillación, mutilación y muerte de cualquier animal.
Desde esta asociación se luchará siempre por conseguir las mejoras necesarias en el trato hacia los animales i en la responsabilidad de tener uno.
En nuestro refugio:
- Todos nuestros animales estarán esterilizados, vacunados e identificados.
- Todos nuestros animales serán tratados individualmente para que se sientan reconfortados en su estancia en el refugio, bien alimentados y bajo control veterinario, para garantizarles una buena salud física y emocional.
- No seremos selectivos y todos los animales serán tratados por igual, con los mismos derechos. No se darán preferencias a cachorros, perros de raza, etc. Todos ellos merecen el mismo trato ya que cada uno tiene vida propia, y nosotros haremos lo posible para que la tenga con dignidad.

- Denunciaremos y colaboraremos para frenar los casos de maltrato y daremos consejo a todas las personas que tenga ese mismo objetivo.

- Seleccionaremos las familias adoptantes y haremos controles para garantizar a cada animal su bienestar, y encontrar la familia adecuada para cada uno de ellos.